O coordenador do Programa Farmácia Popular, Marco Aurélio Pereira, admite que existe uma diferença de preço no pagamento dos medicamentos que integram o programa Aqui Tem Farmácia Popular.
Ele argumenta que, ao fazer o ressarcimento diretamente para farmácias particulares, o ministério não precisa arcar com outros custos como transporte, armazenamento dos remédios e recursos humanos.
A equipe do ministério, no entanto, não sabe informar quanto seria necessário para arcar com esses gastos. Pereira diz que o governo contratou um estudo para fazer a comparação, mas ele ainda não foi concluído. Ou seja, o valor destes custos teoricamente economizados pelo programa nunca foi contabilizado.
O coordenador também diz que é preciso levar em conta os valores que têm de ser pagos por Estados e municípios. "A compra dos remédios não é feita só com recursos do governo. Estados e municípios têm de contribuir, anualmente, com o equivalente a R$ 1,86 por pessoa", diz.
Pereira também reconhece que há problemas com a questão da possível duplicidade na entrega de medicamentos - como não há uma interligação do Aqui Tem Farmácia Popular com a rede pública de saúde, pacientes podem pegar medicamentos de forma duplicada. Ele diz que há planos para interligar o sistema, mas não há prazo para isso.