A embaixadora dos Estados Unidos nas Nações Unidas, Nikki Haley, viajou a Washington para anunciar a decisão junto com o chefe do Departamento de Estado, Mike Pompeo.
Ambos insistiram que os Estados Unidos continuarão sendo um país líder na defesa dos direitos humanos.
Para muitos, a decisão reflete a hostilidade de Trump em relação à diplomacia multilateral.
Haley e Pompeo destacaram que a decisão foi tomada após um ano de esforços para uma reforma do Conselho com o objetivo de afastar os Estados-membros que cometem abusos.
"Durante muito tempo, o Conselho de Direitos Humanos foi um protetor dos violadores dos direitos humanos e uma latrina de preconceitos políticos. Lamentavelmente, agora está claro que nosso pedido de reformas não foi ouvido".
O anúncio acontece depois de o alto comissário de direitos humanos da ONU, Zeid Ra'ad Al Hussein, considerar "inadmissível" - na segunda-feira - a controversa política do governo americano de separar crianças de seus pais imigrantes na fronteira.
O Conselho de Direitos Humanos da ONU foi criado em 2006 para substituir a Comissão de Direitos Humanos e é formado por 47 países-membros escolhidos pela maioria absoluta na Assembleia Geral da ONU.
- Venezuela e Cuba -
O organismo com sede em Genebra emitia pronunciamentos e informes que se chocavam muitas vezes com as prioridades dos Estados Unidos.
Seu posicionamento sobre o comportamento de Israel em relação aos palestinos nos territórios ocupados na Cisjordânia e em Gaza irritava Washington, que por sua vez reclamava que os flagrantes abusos de Venezuela e Cuba não eram considerados.
"Os países fizeram conluio para minar o método de seleção de membros", disse Pompeo.
"O viés contínuo e documentado do Conselho contra Israel é desmesurado. Desde a sua criação, o Conselho adotou mais resoluções condenando Israel do que o resto do mundo em seu conjunto", acrescentou.
O primeiro-ministro de Israel, Benjamin Netanyahu, elogiou a decisão dos Estados Unidos e afirmou que o Conselho é "uma organização hostil, anti-israelense e tendenciosa que traiu sua missão de proteger os direitos humanos".
Haley, que alertou há um ano que Washington cumpriria sua ameaça de abandonar o Conselho caso não houvesse reformas, usou uma linguagem ainda mais dura.
"Damos este passo porque nosso compromisso não nos permite continuar sendo parte de uma organização hipócrita e centrada em si mesma que debocha dos direitos humanos".
O secretário-geral da ONU, António Guterres, lamentou a decisão. "A arquitetura de direitos humanos da ONU tem um papel muito importante na promoção e proteção dos direitos humanos em todo o mundo".
- Defendendo Israel -
O organismo independente Human Rights Watch (HRW) criticou a decisão americana e advertiu que sua ausência no Conselho transferirá para outros países a responsabilidade de abordar os problemas de direitos humanos mais graves do mundo.
"A saída do governo Trump é um triste reflexo de sua política de direitos humanos unidimensional: defender os abusos israelenses das críticas tem prioridade sobre todo o resto", disse o diretor-executivo da HRW, Kenneth Roth.
"O Conselho de Direitos Humanos da ONU desempenhou um papel importante em países como Coreia do Norte, Síria, Myanmar e Sudão do Sul, mas Trump parece só se importar com a defesa de Israel".
A crítica americana se deve ao fato de Israel ser o único país que tem um tema específico na agenda de reuniões do Conselho, o que é defendido em particular pelo bloco dos países árabes.
O chamado "item 7" implica que o tratamento que Israel dá aos palestinos é objeto de escrutínio em cada uma das três sessões anuais do Conselho.
Os Estados Unidos se negaram a se juntar ao organismo quando ele foi criado em 2006, durante o governo de George W. Bush. Na época o embaixador americano na ONU era John Bolton, atual assessor de segurança nacional de Trump.
Washington passou a integrar o Conselho em 2009, com a chegada de Barack Obama à Casa Branca.
No governo Trump, Washington deixou a Unesco, reduziu sua contribuição à ONU e abandonará o acordo climático de Paris.