De acordo com o Ministério da Educação, as novas regras tornam os critérios de repasses de recursos para o Pronatec mais rigorosos. A medida é válida a partir do dia 1º de janeiro. As instituições de ensino que não atingirem os 85% do Índice Institucional de Conclusão vão ter que compensar a evasão de alunos com a devolução de dinheiro, em forma de vagas ou com horas-aula. A partir de 2016 também deverá ser implementada a dupla confirmação de assiduidade, sendo necessário que tanto o aluno quanto a instituição de ensino confirmem a presença do estudante em cada aula.
Nos últimos meses, o programa sofreu uma série de reveses, com atrasos dos repasses de verbas e adiamento do início dos cursos. As instituições de ensino acabaram tendo que diminuir o número de vagas oferecidas ou mesmo desistir de participar do programa. Outras tiveram que recorrer a empréstimos ou até à venda de patrimônio para manter o funcionamento.
O Sindicato das Escolas Particulares de Minas Gerais (Sinep-MG) contabilizou que 30% das vagas que seriam oferecidas para o Pronatec foram cortadas no princípio do ano. As escolas ainda alegam ter que arcar com prejuízos, como a dispensa de mão de obra e a montagem de uma infraestrutura que acabou subaproveitada. Segundo o Sinep-MG, os alunos provenientes do programa chegam a 90%, principalmente nas instituições do interior do estado.
Em 2015, o início das turmas do Pronatec estava previsto para 7 de maio, data que foi adiada para 17 de junho e posteriormente para 27 de julho. O MEC alegou que o adiamento se deu devido a problemas no orçamento, visto que todos os ministérios se viram obrigados a contingenciar recursos diante da crise econômica. O atraso não só impediu o início de novas turmas, mas a continuidade de cursos. Em abril, professores do Colégio Técnico da Universidade Federal de Minas Gerais chegaram a suspender as aulas por falta de pagamento.
Segundo o Ministério da Educação, o número de bolsas a serem distribuídas este ano no Pronatec será de 1 milhão, um terço das bolsas distribuídas no ano passado. O novo cenário interrompe o histórico de crescimento do programa. Em 2011 foram 770 mil matrículas, número que aumentou para 1,6 milhão em 2012, passou para 2,7 milhões em 2013 e bateu em 3 milhões no ano passado. A pasta admitiu que o programa foi redimensionado devido aos cortes no orçamento exigidos pelo ajuste fiscal.