Em 2014, Pontes se candidatou a deputado federal pelo Partido Socialista Brasileiro, ele ficou como suplente. Nas eleiçõe de 2018, foi eleito segundo suplente já pelo PSL. Partido de Bolsonaro a época.
Tenente-coronel da Força Aérea Brasileira (FAB), Marcos Pontes foi o primeiro brasileiro, e único até o momento, a ir ao espaço. Viajou a bordo da nave russa Soyuz.
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