O barco afundou com 48 pessoas a bordo logo após a meia-noite (14h em Brasília), disse o departamento local de buscas e resgate.
Seis pessoas foram resgatadas e levadas ao hospital, indicou, acrescentando que as causas do naufrágio são investigadas.
Muhamad Arafah, diretor da agência local de resgate da cidade de Kendari, sudeste de Sulawesi, afirmou que 19 pessoas que estavam desaparecidas foram encontradas com vida.
O barco navegava entre as cidades de Lanto e Lagili, na ilha de Muna, no sudeste de Sulawesi, disse à AFP o porta-voz do escritório local Wahyudin, que, como muitos indonésios, só tem um nome.
O porta-voz disse à AFP que os passageiros considerados desaparecidos "salvaram-se pelos seus próprios meios e uma vez em terra retornaram às suas casas".
Acidentes com barcos ocorrem com frequência no arquipélago de 17.000 ilhas no Sudeste Asiático, onde as pessoas dependem de balsas e pequenos barcos para viajar e as medidas de segurança são precárias.
Em 2018, mais de 150 pessoas morreram afogadas quando uma balsa virou em um dos lagos mais profundos do mundo, na ilha de Sumatra.