A Agência Meteorológica do Japão (JMA) descartou risco de tsunami após o sismo, que o Serviço Geológico dos Estados Unidos (USGS) com magnitude 5,9.
O tremor, que foi sentido em grande parte do leste do Japão, sacudiu alguns prédios e disparou alarmes nos telefones dos moradores para dar-lhes tempo de buscar segurança.
O epicentro do terremoto, que ocorreu às 22h41 locais (10h41 em Brasília), se situou a 80 quilômetros de profundidade no departamento de Chiba (ao leste da capital), relatou a agência.
Na manhã de sexta (noite de quinta no Brasil), a agência de gestão de catástrofes publicou um balanço de 32 feridos, a maioria leves.
Também reportou a ocorrência de um incêndio em um prédio e duas refinarias, mas informou que estavam controlados.
Os trens locais e de alta velocidade (Shinkansen) foram suspensos por precaução e seu funcionamento na manhã de sexta ainda sofria atrasos.
Também houve controles nas usinas nucleares, sem qualquer anomalia observada.
"Por favor, tome medidas para proteger sua vida e fique de olho nas últimas informações" sobre o terremoto, tuitou o primeiro-ministro japonês, Fumio Kishida, eleito pelo Parlamento na segunda-feira.
O Japão se situa no "Círculo de Fogo" do Pacífico, um arco de intensa atividade sísmica que se estende pelo sudeste da Ásia e pela bacia do Pacífico até a América do Sul.
Os rígidos padrões de construção japoneses permitem que os edifícios resistam a fortes abalos.
Na semana passada, um terremoto de magnitude 6,1 foi sentido na costa noroeste do Japão, sem causar danos.
O Japão continua a ser assombrado pelo terremoto e tsunami de 2011, que deixou mais de 18.500 mortos e causou o desastre nuclear de Fukushima.