O CEFET de Varginha está usando a bioinformática como aliada no combate ao novo coronavírus. Para isso, o centro federal começou um projeto de iniciação científica júnior que está analisando o genoma (conjunto de todos os genes de uma espécie de ser vivo) e as mutações do coronavírus na China, Itália e Estados Unidos. O professor do curso de informática, Wedson Gomes da Silveira Junior, está coordenando a pesquisa e conta com a ajuda do aluno Guilherme Carvalho Theodoro.
O objetivo da análise é identificar as diferenças entre os genomas do coronavírus nos três países para, posteriormente, estudar qual tratamento pode ser mais específico para cada mutação. Além disso, outra análise pode ser feita para comparar estes resultados com genomas de outros vírus já existentes, e, assim, observar as similaridades e diferenças entre eles.
Assim, quando genoma do vírus estiver disponível, poderá ser realizado um estudo comparativo com os outros países. “Outra contribuição será no registro para um possível surgimento de novo vírus”, completa Wedson.
Segundo Gomes, os genomas dos três países já foram mapeados e estão disponíveis no genbank (Banco de dados genético internacional). “Nós iremos analisar, por meio de análises computacionais de bioinformática, a diferença entre o coronavírus de cada país, identificando quais foram as mutações e diferenças genéticas. Depois, iremos comparar as regiões com vírus já conhecidos” afirma o professor.
Em razão do isolamento social, os pesquisadores estão em suas respectivas casas. “Estamos nos preparando e realizando a parte mais básica, porém não temos acesso aos computadores da instituição e aos artigos mais recentes em casa”, explica o professor. Além disso, Gomes afirma que eles podem tentar realizar as análises em computadores domésticos via teleconferência. “Dentro das limitações domésticas estamos iniciando com que é possível”, completa. A pesquisa está planejada para ser desenvolvida durante o ano de 2020.
Como será a pesquisa
O professor afirma que o objeto geral do projeto são os genomas. O primeiro passo será uma pré-análise para verificar a qualidade das amostras, no software FastaQC. Após isso, o genoma será submetido ao software de bioinformática Blast, por meio do qual serão realizados os alinhamentos (que é a identificação de igualdades e diferenças entre os genomas).Depois deste passo, as sequências serão colocadas no PRINSEQ para se ter gráficos que mostram, em números, as similaridades das mutações da COVID-19. Por fim, serão comparadas com sequências já conhecidas de outras patologias e vírus conhecidos a partir do Artemis Sanger.
"Dessa forma, eles serão comparados e as diferenças entre eles serão analisadas. Em relação as mutações, as sequências do genoma já catalogadas em outros seres e demais patologias associadas”, explica o professor. Entretanto, o pesquisador lembra que esta explicação está simplificada pois "têm outros detalhes técnicos mais específicos da área". Além disso, Wedson afirma que as ferramentas uzadas durante a pesquisa são gratuítas.
*Estagiária sob supervisão de Álvaro Duarte