O presidente da Associação de Delegados da Polícia Federal (ADPF), Carlos Eduardo Miguel Sobral, afirmou que a entidade não compactua com essa prática e que a fala de Aragão revela uma intenção de acabar com a Operação Lava Jato. "Nós lamentamos profundamente as frases do ministro da Justiça, que disse que trocará a equipe da investigação Lava Jato sem qualquer prova, sem qualquer apuração, sem qualquer indício de que há vazamento”, afirmou Sobral ao jornal. Segundo ele, a entidade avalia tomar medidas judiciais para evitar qualquer tipo de afastamento.
A Federação Nacional dos Policiais Federais (Fenapef) também se manifestou e informou à "Folha" que espera que o novo ministro atue para buscar o equilíbrio dos ânimos internos da PF.
O ministro também criticou delações premiadas de presos. Para Eugênio Aragão, prisões não devem ser usadas como método para obtenção de acordos de delação e que as colaborações com a Justiça devem ser espontâneas. "Se não houver voluntariedade, elas podem perder a validade", afirmou em entrevista à "Folha"
Eugênio Aragão tomou posse na quinta-feira (17/03) junto com o ex-presidente Lula, que assumiria o cargo de ministro da Casa Civil. No entanto, a nomeação do petista foi suspensa pelo ministro do Supremo Tribunal Federal (STF), Gilmar Mendes.