A localização do corpo de Joaquim Ponte Marques fez a Polícia Civil de Ribeirão Preto partir para um novo estágio na investigação, ou seja, descobrir como ele morreu e quem o matou. Exames preliminares no IML (Instituto Médico Legal) de Barretos já apontaram que não havia água nos pulmões da criança, que então teria morrido antes de ser jogada no rio.
A mãe do menino, Natália Ponte, aparentando estar bastante abalada com a localização do filho, não quis falar nada após fazer o reconhecimento em Barretos. Já o padrasto, Guilherme Longo, visto como o principal suspeito no caso, permaneceu trancado na residência em Ribeirão Preto, enquanto um grupo de pessoas se aglomerava do lado de fora e gritava insultos contra ele.
Para evitar que algo pudesse acontecer, várias viaturas e dezenas de policiais militares fizeram a segurança no local. Depois disso, Longo teria sido retirado da residência pelos PMs e levado para um local seguro. A mãe não estava em Barretos.