Suspeita-se que o homem embarcou no trem dias antes de deixar o estado de Bihar e morrer dentro do banheiro depois de trancar a porta.
Ram Sahay, policial ferroviário, disse à AFP que a porta foi arrombada no domingo depois que passageiros reclamaram do cheiro.
O trem viajou quase 24 horas, para uma viagem total de 35 horas, quando foi feita a descoberta.
"Ainda não sabemos nada sobre o homem", disse Sahay, que mora em Shahjahanpur, estado de Uttar Pradesh, onde o corpo foi encontrado.
"Ele possivelmente entrou no trem quando estava parado e morreu dois ou três dias antes de ser encontrado", afirmou.
Sanjay Rai, médico do hospital ferroviário, disse ao jornal The Times of India que o homem "morreu depois de entrar em possível coma".
As autoridades distribuíram cartazes do homem nas proximidades da estação de Bihar.
Dezenas de milhares de corpos não são reivindicados e identificados todos os anos na Índia. Eles geralmente são cremados pela polícia após três dias em que tentam localizar parentes ou amigos do falecido.