O vice-almirante, que classificou como "absurda" a ideia de que a Rússia pretendia invadir a Ucrânia, deixará o cargo "com efeito imediato", disse o porta-voz à AFP.
Schönbach também disse que o presidente russo, Vladimir Putin, merecia respeito, de acordo com um vídeo gravado durante uma reunião de um centro de pesquisa em Nova Délhi nesta sexta-feira e que circula online.
"É fácil dar a [Putin] o respeito que ele quer, e que provavelmente também merece", declarou Schönbach.
O vice-almirante também argumentou que a península da Crimeia, anexada pela Rússia em 2014, "já se foi e não voltará" a estar sob soberania da Ucrânia.
O oficial fez um 'mea culpa' à tarde, descrevendo suas declarações como "imprudentes". "Não há necessidade de objetar: isso foi claramente um erro", escreveu no Twitter.
No entanto, em um comunicado divulgado na noite deste sábado, Schönbach explicou que havia apresentado sua renúncia para "evitar maiores danos à Marinha alemã e, acima de tudo, à República Federal da Alemanha".
O Ministério das Relações Exteriores da Ucrânia convocou a embaixadora alemã, Anka Feldhusen, à tarde, depois de chamar os comentários do vice-almirante de "absolutamente inaceitáveis".
As declarações de Schönbach ocorrem em meio à crise russo-ocidental sobre a Ucrânia.
Ambos os lados estão fazendo intensos esforços diplomáticos para evitar que a situação se agrave, enquanto dezenas de milhares de soldados russos permanecem concentrados na fronteira ucraniana.
BERLIM