A decisão foi tomada após a detecção da cepa H5 da gripe aviária em uma fazenda da província de Flevoland, no centro do país, informou o ministério da Agricultura holandês.
"Cerca de 36.000 aves foram sacrificadas na fazenda para impedir a propagação do vírus", acrescentou o ministério em um comunicado.
O ministério também informou um aumento de aves selvagens mortas no norte da Holanda e de pássaros selvagens infectados na Alemanha.
É a segunda epidemia deste tipo registrada na Holanda este ano, após um surto parecido em fevereiro, quando foi detectada uma infecção em uma fazenda de perus no sul.
A Holanda foi o país mais afetado em 2003 quando surgiu uma cepa mortal da gripe aviária H7N7, que matou ao menos uma pessoa, infectou 255 manadas de aves e obrigou a sacrificar 30 milhões de aves, segundo a Biblioteca Nacional de Medicina.