Sequenciamento, a ferramenta indispensável para rastrear o vírus

Para controlar as modificações do coronavírus que podem agravar a pandemia, ou tornar as vacinas menos eficazes, os cientistas precisam sequenciar seu genoma. São poucos os países, porém, que fazem e compartilham esse trabalhoso, complexo e necessário monitoramento.

A publicação do primeiro sequenciamento do genoma do SARS-CoV-2 em janeiro de 2020, no início da pandemia, possibilitou identificá-lo como um novo coronavírus e iniciar o desenvolvimento de testes de diagnóstico e vacinas.

Desde então, dezenas de milhares de sequências foram baixadas em bancos de dados públicos, permitindo que as mutações sejam observadas com precisão e velocidade nunca antes alcançadas.

Muitas dessas informações vêm de um único país: Grã-Bretanha.

Em meados de janeiro, o GISAID - uma importante plataforma de compartilhamento de dados criada originalmente para monitorar a gripe - havia recebido 379.000 sequências. Entre elas, 166.000 vieram da Covid-19 Genomics UK (COG-UK), uma parceria entre autoridades de saúde e centros universitários.

"Esta é a primeira vez que vemos um patógeno evoluir nessa escala", destaca o diretor de estratégia e transformação na COG-UK, Ewan Harrison.

"Percebemos que essas mutações se acumulam muito mais rápido do que pensávamos", completou.

Atualmente, o programa sequencia 10.000 genomas por semana (6% dos casos conhecidos na Grã-Bretanha). A meta é dobrar esse número.

"O Reino Unido supera em muito o mundo inteiro", diz Emma Hodcroft, epidemiologista da Universidade de Berna e codesenvolvedora do projeto internacional de monitoramento de vírus Nextstrain.

- Sequenciamento, uma prioridade -

O sequenciamento identificou variantes preocupantes na Grã-Bretanha, África do Sul e Brasil.

A nova variante no Reino Unido, de disseminação mais rápida, é "como uma minipandemia dentro da pandemia", afirma o dr. Harrison. Sem monitoramento sistemático, os cientistas não teriam entendido que "a situação muda".

O alerta precoce não evitou sua propagação - dezenas de países já o detectaram - mas permitiu que outros se preparassem. Sem o aviso dos cientistas britânicos, o mundo navegaria às cegas, concorda Emma Hodcroft.

Outras variantes do vírus são visíveis somente quando se espalham para o exterior, a partir de seu ponto de origem.

Neste mesmo mês, por exemplo, uma nova cepa, carregando uma mutação chamada E484K, e que os cientistas temem que possa contornar a imunidade, foi identificada no Japão em pessoas procedentes do Brasil.

Para a Organização Mundial da Saúde (OMS), uma melhor capacidade de sequenciamento é uma prioridade.

Maria Van Kerkhove, responsável técnica pela covid-19 da OMS, considerou recentemente o número de sequências compartilhadas de "incrível", mas lamentou que elas venham somente de um punhado de países.

Quando outro coronavírus, o da SARS, começou a se espalhar em 2002, apenas três variantes do genoma foram compartilhadas publicamente no primeiro mês, e 31, após três meses.

Desta vez, seis genomas foram disponibilizados para pesquisadores de todo mundo semanas após o aparecimento do vírus. Em seis meses, 60 mil já haviam sido publicados.

- Um "erro de digitação" -

No início, o novo coronavírus não apresentava muita diversidade genética, diz Emma Hodcroft, apesar de "ter-se espalhado por toda Europa".

"Pudemos ver que, aparentemente, vinha mesmo da China, porque todas as sequências detectadas no mundo já estavam nas várias sequências chinesas", conta à AFP.

No verão boreal de 2020 (inverno no Brasil), novas cepas apareceram, substituindo as versões anteriores do vírus. As mutações são parte da evolução viral e ocorrem quando o vírus se reproduz, como se fosse um "erro de digitação", explica a dra. Hodcroft.

A maioria das novas cepas não dá ao vírus nenhuma vantagem, ou força, são até desfavoráveis. Às vezes, no entanto, uma mutação aumenta sua infecciosidade, ou pode torná-lo causador de uma doença mais séria.

Quanto mais um vírus infecta as pessoas, maior a probabilidade de mutação, e essa probabilidade aumenta em uma pessoa, cujo sistema imunológico está cronicamente enfraquecido.

Foi possivelmente assim que a nova variante apareceu no Reino Unido, e os pesquisadores agora estão sequenciando cepas de pacientes imunossuprimidos, explica o dr. Harrison, da COG-UK.

Para a OMS, o sequenciamento mundial ajudará a "compreender melhor o mundo dos patógenos emergentes e suas interações com humanos e animais em uma variedade de climas, ecossistemas, culturas, ou modos de vida".

O sequenciamento em grande escala é, contudo, logisticamente complexo.

O Wellcome Sanger Institute, por exemplo, ao sul de Cambridge, Inglaterra, armazena dezenas de milhares de amostras que recebe todos os dias em enormes freezers e desenvolveu uma infraestrutura robótica completa para classificá-las e usá-las em suas pesquisas.