A pequena localidade de Atsuma, próxima ao epicentro do tremor, foi a que mais sofreu, com 14 mortos.
Durante toda a noite, os socorristas buscaram sobreviventes, com a ajuda de escavadeiras e cães farejadores, um trabalho dificultado por tremores secundários.
"Muitas pessoas seguem sob a terra. Trabalhamos sem descanso mas os esforços de resgate são difíceis", comentou um militar das Forças de Autodefesa à rede de televisão NHK.
"Faremos todo o possível para encontrá-las rapidamente", acrescentou.
Fotografias aéreas mostraram montanhas literalmente divididas em dois por deslizamentos de terra que arrancaram todas as árvores na encosta e enterraram casas inteiras.
Militares das forças de autodefesa chegaram à área para participar de operações de resgate. Cerca de 25.000 soldados foram mobilizados.
O epicentro do tremor foi situado 62 km a sudeste da capital regional, Saporo, apenas dois dias após um tufão causar importantes danos na região ocidental de Osaka.
O terremoto foi seguido por um abalo secundário de 5,3 graus e por outros tremores menores.
"Não tenho palavras... Moro aqui há 20 anos, não sei o que dizer", confessou um jovem habitante da cidade.
Cerca de 22.000 agentes e 75 helicópteros foram mobilizados para as operações de resgate e para ajudar as famílias afetadas.
Após um corte de eletricidade devido à paralisação de todas as usinas da região, 40% da população da ilha já tinha recuperado o fornecimento na manhã desta sexta-feira, segundo a empresa Hokkaido Electric. Mas cerca de 1,6 milhão de pessoas continuam sem energia.
"Vai ser preciso uma semana" para que a principal central elétrica volte a operar nornalmente, indicou o ministro da Indústria, Hiroshige Seko. Até lá, ele pediu que a população reduza seu consumo e "aos membros de uma mesma família permaneçam juntos em uma só casa".
Os serviços de transporte regressavam progressivamente à normalidade e os trens de alta velocidade voltam a circular na parte da tarde.
O aeroporto de Sapporo voltou a operar, após permanecer fechado na quinta-feira, quando foram anulados mais de 200 voos.
Mas a partida de futebol entre as seleções de Japão e Chile, prevista para esta sexta-feira, foi cancelada.
As autoridades alertaram para o risco de novos tremores: "Fortes abalos secundários ocorrem geralmente nos dois, ou três, dias seguintes", disse Toshiyuki Matsumori, encarregado de vigilância de tsunamis e terremotos da agência meteorológica.
"O risco de desabamento de casas e de deslizamentos de terra pode ter aumentado nas zonas que sofreram fortes abalos. Pedimos à população que preste atenção na atividade sísmica e nas chuvas, e que evitem as zonas de risco", advertiu Matsumori.