O empresário foi preso no momento em que saia de um flat de luxo, no centro de Salvador, conduzindo um carro que pertence a sua mãe. Ele não ofereceu resistência. Chafik estava foragido desde 2013, quando recebeu habeas corpus e passou a se mudar de maneira constante de endereços. Segundo o delegado titular da Delegacia de Homicídios e Proteção à Pessoa (DHPP), Emerson Morais, encarregado de conduzir as investigações de captura, foram três meses de investigação, envolvendo vários setores da polícia civil e seu serviço de inteligência.
Sua fuga para a Bahia já havia sido detectada pela Polícia Civil. Segundo o delegado o acusado é proprietário de fazendas em Itajuipe, Ilheus e Itabuna, e de vários imóveis de alto padrão, e um shopping em Salvador de onde passou a conduzir seus negócios. Também a frequência a praias badaladas e restaurantes requintados deixou alguns rastros que ajudaram em sua prisão.
Em depoimento ao delegado, Chafik se disse arrependido pelas vidas perdidas e atribuiu a um “incidente” as cinco mortes e 17 feridos no acampamento. Segundo o depoimento, ele se dirigiu à fazenda para tentar “um diálogo” e um de seus seguranças disparou a arma, “por acidente”, resultando em descontrole total dos demais que também passaram a atirar. Ele não quis prestar nenhuma declaração diante da imprensa.
A fazenda Nova Alegria pertencia ao avô de Chafik, que viera do Líbano no início do século. Com 1.300 hectares, teve uma gleba considera improdutiva e foi ocupada pelo MST. Segundo o delegado, Chafik alegou que os ocupantes do terreno estariam saqueando as terras do fazendeiro, o que o teria motivado a procurá-los para uma “conversa”.