Em outra frente da Operação Eclésia, o Ministério Público e a Polícia Civil investigam um esquema de lavagem de dinheiro da Assembleia Legislativa do Amapá por meio de uma cooperativa de veículos, a Cootram (Cooperativa de Transportes de Veículos Leves e Pesados do Amapá).Utilizando cheques da empresa, o servidor da Assembleia Legislativa Gleidson Luís Amanajás, o “Gargamel” - e ligado à presidência da Casa -, sacou mais de R$ 3 milhões, em dinheiro vivo, diretamente da conta da instituição. Os saques constam de um ofício do Banco do Brasil enviado ao Ministério Público, a que o Estado teve acesso.

Conforme o promotor Afonso Guimarães, que conduz a investigação, os dirigentes da cooperativa endossam os cheques destinados à empresa, que por sua vez eram descontados na conta da Assembleia. Ainda segundo ele, não há provas de que os veículos foram efetivamente alugados pelos deputados. Em 2011, a Cootram recebeu R$ 4,333 milhões da Assembleia.