Em entrevista à Agência Estado, Sérgio Guerra classificou de "fraudulento" o programa de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais (Reuni), desenvolvido por Haddad quando era ministro. "(O programa) foi anunciado de uma forma que não se confirmou, é fraudulento. A universidade do ABC, com problemas de gestão e logística, teve evasão de 42% (dos alunos) no ano passado. A gestão dele não o credencia a ser prefeito nem sequer a continuar como ministro. O que ele desenvolveu, nem o ENEM nem o Reuni, não convence ninguém", disse o presidente nacional da sigla.
Para o vereador Floriano Pesaro, Haddad criou "universidades de papel", sem recursos e em locais que faltam até água. Ao listar os problemas enfrentados pelos estudantes em universidades de todo o País, o tucano destacou que a gestão de Haddad chegou a inaugurar, em Guarulhos, universidades sem salas de aula e sem infraestrutura. E questionou o projeto de vereadores do PT de condecorar Haddad com a medalha Anchieta, a mais alta honraria do município: "Tenho argumentado que isso é uma afronta aos professores das universidades federais, que estão 80% parados. Isso faz parte do marketing eleitoral do PT, sempre criando factoides, são cidades cenográficas."
Sérgio Guerra chegou a fazer um comparativo das gestões de José Serra, como ministro da Saúde, e de Haddad, como titular da Educação. "Se (Haddad) tivesse sido um ministro da Educação como o Serra foi da Saúde, teria sido perfeito." E garantiu que o tucano convenceu não apenas os aliados, mas também os adversários quando esteve no comando deste ministério. E continuou nas críticas ao petista: "A greve (das universidades federais) é uma marca registrada de Haddad." Em seguida, questionou a legitimidade da candidatura do afilhado político do ex-presidente Lula: "Haddad não tem legitimidade. Não foi escolhido em prévias. (Foi escolhido pela) falta de democracia do Lula."