O esquema foi descoberto quando houve troca do chefe do almoxarifado. O novo servidor descobriu uma incompatibilidade entre os estoques que haviam sido lançados no registro e o volume de material que de fato existia ou estava em uso, o que indicava "fortes indícios" de desvios envolvendo empresas, fornecedores e funcionários. Foi aberta, então, uma sindicância, seguida de abertura de processos nas esferas civil e militar.
Amorim encaminhou cópia do processo à CGU para que o órgão verifique se não existem problemas semelhantes em outros contratos das quatro empresas fornecedoras de material e serviços, em outras pastas. A CGU, que recebeu hoje o processo, disse que vai examinar a questão e poderá reavaliar todos os contratos da Copatt Soluções Tecnológicas, C&D Comércio e Serviços Ltda, JEL Comércio e Serviços de Informática Ltda e Century Comércio e Serviços LTda. O número exato do desfalque ainda está sendo investigado pela Defesa.