De acordo com o relatório da CGU, tanto no Departamento Nacional de Infraestrutura de Transportes (Dnit) quanto na Valec, a estatal do setor ferroviário, são raros os empreendimentos em que não há acréscimos de custos, e que muitos aditivos aproximam-se do limite legal de 25%, o que torna sem efeito os descontos obtidos nas licitações.
As investigações começaram no dia 6 de julho, por determinação da presidenta Dilma Rousseff, após as denúncias de desvio de verbas e superfaturamento de contratos na pasta. A crise resultou na saída do então ministro Alfredo Nascimento e de funcionários do Ministério dos Transportes, do Dnit e da Valec Engenharia, Construções e Ferrovias S/A .