De acordo com a portaria, poderão atuar como Centros Colaboradores os serviços de saúde públicos e privados e instituições de ensino mediante adesão a cadastro do Ministério da Saúde. Esse cadastramento deverá ser realizado eletronicamente no site do Ministério. Os serviços e instituições que aderirem à iniciativa deverão adotar os protocolos do Ministério da Saúde como referência nos processos de qualificação.
Dentre as finalidades, esses centros irão apoiar o Ministério da Saúde no desenvolvimento de protocolos, tecnologias de informação e comunicação, além da participação no desenvolvimento de pesquisas; capacitar os profissionais das maternidades para identificação de casos suspeitos, diagnóstico, notificação e conduta inicial em casos de microcefalia; e capacitar profissionais de nível superior no cuidado a crianças com microcefalia.
A Secretaria de Gestão do Trabalho e da Educação na Saúde, entre outras atribuições, irá disponibilizar os protocolos de resposta à ocorrência de microcefalia relacionada à infecção pelo vírus zika definidos pelo Ministério da Saúde, além de elaborar e disponibilizar material instrucional e módulos educacionais para apoio à realização das capacitações..