Segundo o Ministério Público, entre as condicionantes não atendidas algumas são fundamentais para que a obra tenha os impactos compensados, como a apresentação de um programa de monitoramento da fauna de peixes, de alternativas para o sistema de transposição dessas espécies e o estudo dos rios e outros corpos d´água existentes usina rio abaixo. A obra afeta diretamente as terras dos povos indígenas Kayabi, Munduruku, Apiaká e povos em isolamento voluntário, que recusam a aproximação da sociedade não indígena.
O Ministério Público já apresentou sete ações para apontar irregularidades no licenciamento da Usina de São Manoel. Em cinco processos o MPF conquistou decisões liminares favoráveis aos indígenas e ribeirinhos, que foram suspensas no Tribunal Regional Federal da 1ª Região..