Nascido em Natal, no Rio Grande do Norte, em 5 de abril de 1938, foi militante político contra a ditadura militar em 1964. Em 1975, Rodolfo Konder foi preso junto com o jornalista Vladimir Herzog e foi o primeiro a denunciar que Herzog havia sido assassinado pelos torturadores. Por ser militante do PCB foi obrigado a se exilar durante o regime militar. No período da redemocratização, atuou em grupos de direitos humanos e presidiu a seção brasileira da Anistia Internacional. Era filho de Valério Konder, que foi dirigente do PCB, e de Ione Coelho e irmão do filósofo Leandro Konder e de Luíza Eugênia Konder.
Na clandestinidade, o jornalista começou a fazer traduções para Ênio Silveira. Pouco depois, conseguiu uma vaga de redator na agência de notícias Reuters, onde trabalhou durante quatro anos. Passou pelas redações das revistas Realidade, Singular Plural, Visão, Isto É, Afinal, Nova, Playboy, Revista Hebraica e Época; além de diversos jornais, emissoras de rádio e de TV. Durante quatro anos foi editor-chefe e apresentador do Jornal da Cultura, na TV Cultura de São Paulo, e colaborador permanente de O Estado de S. Paulo, durante dez anos.
Publicou artigos nos jornais Movimento, O Diário, Voz da Unidade, Folha de S. Paulo, Jornal da Tarde, Gazeta Mercantil, Diário Popular, Pasquim, O Paiz, La Calle, El Clarin, História, Venus, Opinião, Povos e Países, Jornal do Brasil, Jornal da Semana, Leia Livros, Shopping News, Américas e Shalom.
Foi professor na Faculdade de Jornalismo da Fundação Armando Álvares Penteado (FAAP) durante um ano e conselheiro da União Brasileira de Escritores. Também publicou os livros Cadeia para os Mortos; Tempo de Ameaça; Comando das Trevas; De Volta, Os Canibais; Anistia Internacional: uma Porta para o Futuro; O Veterano de Guerra; Palavras Aladas; O Rio da nossa Loucura; As Portas do Tempo; A Memória e o Esquecimento; A Palavra e o Sonho; Hóspede da Solidão; Labirintos de Pedra; Rastros na Neve; Sombras no Espelho; Cassados e Caçados; Agonia e Morte de um Comunista; A Invasão; As Areias de Ontem; Educar é Libertar; e O Destino e a Neve.
Em 2001 ganhou o prêmio Jabuti pelo livro Hóspede da Solidão, além dos prêmios Monteiro Lobato (1979), Vladimir Herzog (1982), Hebraica (1995), ECO (2002) e Borba Gato (1996).