Tudo estava preparado para o beija-mão, mas Francisco caminhou até a porta principal do templo, onde foi aplaudido umas 100 pessoas que não tiveram acesso à missa e cercado por um grupo de repórteres, fotógrafos e cinegrafistas, em meio a um pequeno tumulto. Em vez de voltar para o beija-mão e de sair por uma porta lateral, o papa pegou seu carro de volta ao Vaticano, se mais explicações. Alguns convidados acharam que ele estava muito cansado, o que seria natural após a programação da Semana Santa. A missa reuniu 1.200 pessoas, selecionadas pela Conferência Nacional dos Bispos do Brasil (CNBB), que convidou o governo e parlamentares, e pela Companhia de Jesus, a qual pertencia São José de Anchieta. O também jesuíta papa Francisco, que canonizou o Apóstolo do Brasil, há três semanas, em 3 de abril, celebrou uma missa festiva, mas de liturgia simples, que duro pouco mais de uma hora.
O papa leu o texto da missa em português, mas fez a homilia em espanhol.
Cerca de 200 padres, mais da metade deles alunos do Colégio Pio Brasileiro, ocuparam as alas centrais da igreja. O superior geral dos jesuítas, padre Adolfo Nicolàs, sentou-se na primeira fila, ao lado do postulador das causas de canonização da Companhia de Jesus, padre Anton Witwoer, e do vice-postulador, padre César Augusto dos Santos. Eles presentearam o papa com uma relíquia de Anchieta, um pedaço do fêmur que se encontra no Pátio de Colégio, em São Paulo.Em sua homilia, de dez minutos, Francisco comentou o trecho do Evangelho sobre a aparição de Jesus a seus discípulos após a ressurreição e falou da alegria de José de Anchieta ao partir como missionário para o Brasil, aos 19 anos de idade. Ao agradecer ao papa a canonização do jesuíta, após mais de 400 anos de processo várias vezes interrompido, d. Damasceno também lembrou o desprendimento e a dedicação de Anchieta aos indígenas e aos marginalizados.
Um e-mail enviado a d.Damasceno pelo Conselho Indígena Missionário (Cimis) informou que um de seus convidados, o Cacique Babau (Rosivaldo Ferreira da Silva), não pôde viajar a Roma para a missa, porque há um mandado de prisão contra ele que dois pedidos de habeas-corpus não conseguiram derrubar. Babau se encontraria com o papa e falaria da situação dos índios..