Além da concessionária, outras 2,5 mil empresas públicas e privadas que exploram diretamente os recursos hídricos da região também pagarão pela captação. A maior pagadora, no entanto, será a Sabesp. De acordo com o Comitê da Bacia Hidrográfica do Alto Tietê (CBH-AT), 88% dos pagamentos caberão às empresas de saneamento, ou seja, à Sabesp e às demais permissionárias. Ao setor industrial caberá uma fatia de 11% da cobrança, enquanto outros setores serão responsáveis pelo 1% restante.
A cobrança é calculada com base na soma do volume de água captado (R$ 0,01), do volume de água não devolvido (R$ 0,02) e da carga de poluentes despejada nos mananciais (R$ 0,10). O valor será cobrado anualmente, podendo ser dividido em 12 parcelas mensais. Em 2014, o valor total será fracionado em até nove vezes, com o primeiro vencimento em 30 de abril.
De acordo com os representantes, a cobrança não significa uma taxação do uso da água. O argumento é de que o valor sobre a captação é um dos instrumentos de gestão dos recursos hídricos previsto nas Políticas Nacional e Estadual de Recursos Hídricos. Em São Paulo, outras quatro bacias hidrográficas já cobram pela exploração dos mananciais, entre elas as Bacias dos Rios Piracicaba, Capivari e Jundiaí (PCJ), que compõe o Sistema Cantareira. Segundo o secretário, a atual crise hídrica "não tem relação direta" com a decisão, que teve seu processo iniciado anteriormente à situação crítica enfrentada hoje pelos principais sistemas de abastecimento da Grande São Paulo..