José Rodrigues foi denunciado por homicídio duplamente qualificado, e Lindonjonson Rocha e Alberto Nascimento, por homicídio triplamente qualificado. De acordo com o Ministério Público, o objetivo do crime era retirar o assentamento da terra comprada por José Rodrigues.
Segundo as investigações policiais, declarações das testemunhas e perícias levaram aos suspeitos. Para a promotora Amanda Lobato, responsável pela denúncia, a prisão preventiva é fundamental para garantir a ordem pública e a tramitação do processo sem ameaça de testemunhas nem ocultação de provas.
O casal foi morto a tiros no dia 24 de maio quando atravessava uma ponte de madeira perto do assentamento.