Os três homens, que se encontravam nos Estados Unidos para treinamentos, não estavam de serviço quando aconteceu o incidente na madrugada de sábado, informou o ministério.
A imprensa americana apontou que o tiroteio teria acontecido depois de uma briga e que não foi aleatório.
"O soldado holandês, que se encontrava em situação crítica em um hospital da cidade americana de Indianapolis, morreu pelos ferimentos na noite passada", indicou o ministério em comunicado.
Os outros dois soldados estavam conscientes e podiam falar, informou o ministério holandês da Defesa.
Os três pertenciam ao corpo de comando, a unidade de forças especiais do exército holandês.