"Esses atos equivalem à pirataria", disse o ministério em comunicado, pedindo aos cidadãos gregos que evitem viajar para o Irã.
Atenas disse que helicópteros da Marinha iraniana transportaram homens armados a bordo dos dois navios-tanque na sexta-feira.
Um deles, o Delta Poseidon, estava navegando em águas internacionais na época, disse o ministério. O segundo, que não foi identificado, foi perto da costa iraniana, segundo a mesma fonte.
O ministério disse que nove gregos estavam entre as tripulações dos dois navios, mas se recusou a fornecer o número de outros marinheiros a bordo.
Atenas informou à UE e à Organização Marítima Internacional do incidente, acrescentou o ministério.