A chefe da diplomacia destacou que os funcionários da embaixada da Rússia são uma "ameaça para quem busca proteção entre nós".
A Alemanha recebe mais de 300.000 refugiados ucranianos que fugiram dos combates em seu país desde 24 de fevereiro.
"Não os toleraremos mais", acrescentou a ministra em nota.
Essas expulsões ocorrem após anúncios semelhantes de vários países da UE nos últimos dias.
As autoridades alemãs suspeitam que os diplomatas russos trabalham para os serviços de inteligência de seu país e agora têm cinco dias para ir embora da Alemanha, segundo informações obtidas pela AFP.
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BERLIM
Alemanha expulsa 40 diplomatas russos
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