"Lamento não ter sido informado , não ter sido parte dessas conversas", disse Borrell em entrevista coletiva.
Estados Unidos, Reino Unido e Austrália revelaram a aliança na quarta-feira (15), uma iniciativa vista como uma medida para conter o crescente poder da China.
O acordo para fornecer à Austrália uma frota de submarinos nucleares causou problemas na França, membro da UE.
Para o ministro das Relações Exteriores da França, Jean-Yves Le Drian, porém, a decisão de anular a compra de submarinos convencionais franceses foi "uma punhalada nas costas".
O acordo com a França era de quase 50 bilhões de dólares australianos (em torno de US$ 36,5 bilhões).
Ao comentar o fato de os países da UE não terem sido informados sobre a nova aliança, Borrell afirmou que "é compreensível como a França deve ter ficado decepcionada".
O diplomata insistiu, no entanto, em que as relações entre Bruxelas e Washington melhoraram exponencialmente desde a chegada do democrata Joe Biden à Casa Branca.
Durante o dia, Peter Stano, um porta-voz de Borrell, declarou que "a UE não foi informada sobre este projeto, ou sobre esta iniciativa, e estamos em contato com estes parceiros para obter mais informações".
"E, claro, teremos que discutir isso dentro da UE com nossos Estados-membros para avaliar as implicações", acrescentou.
No Twitter, o presidente do Conselho Europeu, Charles Michel, comentou, por sua vez, que o anúncio da nova aliança militar "demonstra a necessidade de uma abordagem comum da UE, em uma região de interesse estratégico".
O bloco de 27 nações busca fortalecer os laços na região, que considera de "importância estratégica primordial para os interesses da UE".
Em abril passado, lideranças do bloco disseram que a estratégia poderia incluir o reforço da presença naval europeia no Indo-Pacífico.
Ao apresentar a nova estratégia da UE para a região do Indo-Pacífico nesta quinta-feira, Borrell destacou que o bloco europeu é "o principal investidor, o principal associado em cooperação e um dos principais parceiros comerciais".
Em um claro sinal de distanciamento da política expressa pelos Estados Unidos, Borrell declarou que a estratégia europeia se apoia na intenção de "cooperação, não de confrontação, com a China".
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