A tragédia aconteceu quando um trem procedente de Karachi descarrilou e em seguida foi atingido por outro procedente de Rawalpindi, que circulava no sentido contrário.
O vice-comissário de Sindh, Usman Abdullah, divulgou duas listas de mortos, que incluem 12 pessoas ainda não identificadas, na tragédia.
O balanço divulgado na segunda-feira registrava 43 mortes. Entre as vítimas fatais estão um bebê de poucos meses e uma mulher de 81 anos.
Durante a noite, as equipes de resgate continuaram retirando corpos dos vagões destruídos.
O exército e uma equipe de engenheiros civis trabalharam para remover a maior parte dos vagões destruídos no acidente, enquanto funcionários do sistema ferroviário reparavam as vias.
"Este é o maior acidente que vi em 10 anos de serviço", declarou à AFP o engenheiro ferroviário Jahan Zeb.
O porta-voz da empresa 'Pakistan Railways', Ijaz Shah, afirmou que as famílias dos mortos receberão uma compensação de 1,5 milhão de rupias (9.600 dólares).
O acidente aconteceu na madrugada de segunda-feira, perto da cidade de Daharki, na província de Sindh, no momento em que provavelmente a maioria dos 1.200 passageiros dos trens estava dormindo.
O 'Millat Express' seguia do grande porto de Karachi para a cidade de Sardogha quando descarrilou e deslizou para a via do 'Sir Syed Express', que partiu de Rawalpindi e estava na direção contrária.
O acidente provocou um novo debate sobre o estado das ferrovias do Paquistão, que herdou milhares de quilômetros de ferrovias e trens do período em que o território era uma colônia do Império Britânico.
A rede ferroviária está em decadência há várias décadas devido à corrupção, má gestão e falta de investimentos
As causas do acidente ainda não foram determinadas, mas o ministro do Interior, Sheikh Rashid, ex-ministro de Ferrovias, descreveu a área do acidente, que data de 1880, como um "desastre".
O atual ministro de Ferrovias, Azam Swati, disse que o trecho em que aconteceu a tragédia era "realmente perigoso".