Os projéteis caíram em um campo desocupado na província fronteiriça de Kilis, de acordo com o ministério.
A Turquia "enviou uma notificação" à Rússia para solicitar "a cessação dos disparos" e "em resposta, alvos designados foram atingidos imediatamente", acrescentou.
Ancara também colocou suas tropas na região em alerta.
Turquia e Rússia estão trabalhando em uma solução para o conflito na Síria após uma década de guerra, embora apoiem lados opostos.
Moscou é um aliado crucial do presidente sírio, Bashar Al Asad, e Ancara apoia os grupos rebeldes.
Em março passado, Turquia e Rússia alcançaram um cessar-fogo na província de Idlib, no noroeste da Síria, para evitar uma escalada do conflito, após a morte de 36 soldados turcos em uma ofensiva do governo sírio, apoiado pela Rússia.
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