AEBSERH é uma empresa pública com personalidade jurídica de direito privado e patrimônio próprio. Foi criada pela Lei 12.550/2011 para prestar gratuitamente serviços de assistência médico-hospitalar, ambulatorial, de apoio diagnóstico e terapêutico à comunidade em geral. No caso das instituições federais de educação, a nova empresa pública federal deve prestar serviços de apoio ao ensino e à pesquisa, ao ensino-aprendizagem e à formação de profissionais da saúde.
Porém, segundo o MPF, desde a criação a EBSERH vem sendo alvo de críticas por parte de movimentos sociais, organizações estudantis e sindicais e até mesmo do Conselho Nacional de Saúde, que contestam aspectos jurídicos da instituição e a possibilidade de mudanças na contratação de funcionários. No caso das formas previstas na nova empresa para a contratação de pessoal, o MPF considera que há aspectos que ferem a Constituição.
PENDÊNCIA
Os procuradores federais afirmam ainda que a própria criação da EBSERH está sendo questionada no Supremo Tribunal Federal, por ação direta de inconstitucionalidade proposta, em 31 de outubro de 2012, pelo procurador-geral da República. Apesar disso, diversas instituições federais de ensino, entre elas a UFMG, iniciaram negociação para o repasse da gestão dos seus hospitais universitários à nova empresa.